離子交換色譜柱是指離子交換色譜中的固定相中的一些帶電荷的基團， 這些帶電基團通過靜電相互作用與帶相反電荷的離子結合。如果流動相中存在其他帶相反電荷的離子，按照質量作用定律，這些離子將與結合在固定相上的反離子進行交換。
 

　　離子交換色譜是蛋白純化技術中常用的一種純化方法，其原理是指被分離物質所帶的電荷可與離子交換劑所帶的相反電荷結合，這種帶電分子與固定相之間的結合作用是可逆的，在改變pH或者用逐漸增加離子強度的緩沖液洗脫時，離子交換劑上結合的物質可與洗脫液中的離子發生交換而被洗脫到溶液中。由于不同物質的電荷不同，其與離子交換劑的結合能力也不同，所以被洗脫到溶液中的順序也不同，從而被分離出來。
 

　　離子交換色譜柱通用有三種清洗方式，分別用于清洗酸溶性、堿溶性或有機污染物，在清洗過程中必須要確保嚴格按照清洗過程進行，否則會引起色譜柱的局部高壓而損壞色譜柱。對于有機溶劑清洗色譜柱，需要逐步減少有機溶劑的量以避免由于混合的流動相黏度的變化。
 

　　離子交換色譜柱的清洗過程：
 

　　1、配制500mL合適的清洗溶液;
 

　　2、斷開抑制器中，分別清洗保護住和分離柱，如果分離柱和保護住串聯清洗，則將保護柱接在分離柱之后;
 

　　3、設置流速對2mm色譜柱采用0.5ml/min，而對4mm色譜柱采用2ml/min
 

　　4、用二次去離子水沖洗色譜柱15min;
 

　　5、用清洗液清洗色譜柱60min;
 

　　6、用二次去離子水沖洗色譜柱15min;
 

　　7、連接抑制器，用淋洗液平衡色譜柱。