離子色譜柱保護柱位于進樣器與分析柱之間，離子色譜分析中重要的色譜耗材，使用保護柱可大大降低分析柱受污染的程度，延長分析柱使用壽命。離子色譜柱保護柱位于進樣器與分析柱之間，作用主要兩方面：
1.截留不溶性顆粒
2.吸附樣品基質中的雜質
一、離子色譜儀的保護柱如何選擇：
1.保護柱的填料，與分析柱保持一致，填料品牌一致，才能100%確保選擇性一致。
2.保護柱的規格，要與分析柱匹配，填料粒徑一致，保護柱的內徑與分析柱的內徑相近。
3.對于精細分離，保護柱本身的裝填柱效要足夠好。
4.對于精細分離或者小內徑色譜柱分離，保護柱的連接死體積要盡可能小。
5.如果是用于UHPLC柱，還要考慮保護柱的耐壓能力。
保護柱不理想，就會導致峰擴散，分離度下降，不利于精細分離。
理想的保護柱，即使分析柱短小如4.6×100mm，安裝保護柱后也未引起分離度與峰高的降低。
二、如何使用離子色譜儀的保護柱？
1.專柱。避免保護柱成為不同項目的交叉污染源。
2.及時更換保護柱。當峰的理論塔板數下降15%，或是柱壓上升15%，或是關鍵分離度下降15%時，都應該及時更換保護柱。
3.不慎發生強污染時，可以將分析柱卸下，單獨沖洗保護柱，可以使污染物更快的從保護柱中流出。——但是不可以超聲保護柱。
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